《X档案》（英语：The X-Files）是1990年代闻名于世界各地的美国电视科幻影集，制作人是克里斯·卡特。1993年9月10日于FOX首播第一季，2002年5月19日播毕9季后结束；1998年拍摄了一部同名电影，至2008年，电视版结束了6年后，再次拍摄了另一部同名电影。本剧商业上十分成功，在评论界的口碑也很好，立刻吸引了庞大的死忠影迷群体。但第5季末电影版推出后，从第6季开始人气显著下滑。加上后期主演人员变动等原因，FOX最终决定在第9季结束此剧。
2015年3月24日，FOX宣布于本剧开播22年、下档13年后，于加拿大温哥华重启制作本剧的迷你剧集版本，共6集。
本片在台湾由华视于1995年首播（但仅播至第七季），1996年7月24日至1997年5月7日期间，并曾另辟时段重播部分第一、二季的集数。之后华视未播出的内容，则陆续于东森洋片台（2003年）与AXN频道（2008年）播毕。
- 男主角穆德于牛津大学心理学系第一名毕业，后加入FBI。但放弃大好前途，主动要求调查“X档案”，这一类事件都是神秘、灵异、科学和常理很难解释的超自然现象。他如此执迷，是因为小时候亲眼见到妹妹被绑架，他坚信是外星人所为。这种性格也让众人给他取绰号为“spooky”（鬼魅、阴森、古怪、装神弄鬼）。
- 女主角斯卡里是医学博士，FBI高层对穆德的工作很怀疑，便派斯卡里去和他搭档，及时报告穆德的行为用以揭穿他。科学家出身的斯卡里坚信科学能够回答一切问题，否认穆德的信念，有时亲眼见到难以解释的现象后都会拒绝承认。然而随着剧情推移，加上亲身的体验，斯卡里虽然仍坚持科学的精神，也逐渐开始相信穆德的理论，并一直伴他左右揭发事实真相。
- 主线围绕着外星人阴谋论展开，全世界政府和军方高层一直试图掩盖，千方百计阻挠两人揭露真相，但与此同时也有很多高层出于不同原因一直在暗中协助两人。涉及主线的单集每一季共有8、9集左右，在开头、中间和结尾穿插播出。
- 副线则是各种光怪陆离的奇异事件，如：梦魔、预测未来、人体自燃、平行宇宙等，涉及各种文化的宗教、神话、传说。每一季共有12、13集左右。
由Fox Broadcasting Company – US logo for The X-Files.
美剧X档案第一季The XFilesS1
第一季S1x01 领航员/试播集 Pilot
黛娜·史卡利探员，联邦调查局学院的法医，一位理性的科学家，被召至调查局总部。布雷文斯主任要求她参与X档案的工作，与她共事的是外号「鬼魅（spooky）」的福克斯·穆德探员，他喜欢追查不可思议的案件，使得联邦调查局伤透了脑筋。史卡利说：“您是要我拆穿X档案的假面具吗？”
穆德的办公室位于华盛顿总部的地下室，两人初见面便开始针锋相对。穆德认为，当传统与科学无法提供答案的时候，最后要诉诸于看似合理的怪诞幻想；而史卡利则认为，没有科学不能解释的东西，只是你还没有找到解答的方法而已。
穆德带史卡利前往俄勒冈州，调查一群高中生离奇的死亡案件，藉以考验她的能力。他安排了开棺验尸，却遭到当地验尸官的反对。果然，挖出来的尸体，是一种半人半猿的奇怪物体，史卡利在尸体的鼻腔之中发现了植入物。
当年这一班高中生在森林里遇到强光，每个人的背后皆有二个小红痘印记。他们找到了几名尚未死亡的高中生，其中比利与佩姬因为发生车祸，住在病院之中。比利形同植物人，佩姬则无法走路，穆德研判他们是遭外星人绑架做实验，如今实验不成，开始清除实验结果。
两人前往森林中找寻线索，却遭比利的父亲（当地的警长）赶走，但史卡利相信森林中必然发生了什么事情。他们回到旅馆休息，却意外遇到停电了，史卡利在很乌龙的情况下与穆德的紧张的关系得以缓和。穆德告诉她，他有一个妹妹莎曼珊在八岁的时候遭到外星人绑架，这件事是他心中永远的痛；还有他对外星人、不可思议事件的追查、相信与执着，他希望有朝一日能够找回莎曼珊。
这时传来佩姬“跑到”卡车前自杀的消息，穆德与史卡利住的旅馆遭人放火烧毁资料，而其它受害者的尸体，皆被人抢先一步挖走，幕后黑手隐然出现，穆德与史卡利将如何应付……
第一季S1x02 深喉咙 DEEP THROAT
穆德邀史卡利前往艾伦斯空军基地，调查一位布达哈斯上校的失踪案件。穆德对史卡利语多保留，警觉心强的史卡利私下查出，其实穆德是因为当地幽浮出没，找飞碟才是他真正的目的。
同一时间，穆德在洗手间遇见一位陌生人，他对穆德的工作知道甚多，他警告穆德不要追查这件事，不然会有危险，不听劝告的穆德很快就发现自己成为他人监视的目标。
两人来到报案的布达哈斯太太家中，原来同一基地内有许多类似的飞行员失踪或发病，他们讯问基地的军官以了解案情，却无功而返，途中遇到一名记者想要套他们的消息，二人不予理会，不过穆德却请教他有关幽浮的问题。
穆德与史卡利依记者的消息，前往一间小餐馆用餐，穆德用二十元向老板娘买了一张传说中幽浮的照片，史卡利骂他是笨蛋，但随即穆德就拿到了老板娘帮他画的基地地图，这个基地在普通地图上是不存在的。
穆德一直等到了晚上，史卡利生气却没有离开，一个人在车上休息，忽然被一阵音爆惊醒，穆德抓着她往山丘上跑，看到不可思议的光点在空中飞行。接着他们看到二名少年因偷偷潜入基地，被直升机追赶，四人一起逃离了基地。
少年告诉他们，基地在试飞新型的飞机，他们时常偷偷跑进去寻找刺激，穆德相信他们的话，空军正在利用飞碟技术研发新战机，史卡利则反驳，不能因为我不能解释天上飞的东西，就相信他们是幽浮，史卡利说：“穆德你是个疯子！”
这时消息传来，布达哈斯上校回家了。穆德与史卡利前往探视，布达哈斯太太却不相信回来的人是她丈夫，布达哈斯上校一切正常，唯独忘了如何开飞机，但史卡利不相信布达哈斯的记忆遭到了重组。
回程路上，他们遭到了国家安全局的围堵，拿走了相关证据，这时穆德才跟史卡利坦白，他曾收到警告，不过不死心的穆德，还是独自前往一探艾伦斯基地，史卡利该如何是好……
第一季S1x03 突变异种 SQUEEZE
史卡利在学院的朋友柯顿找她吃饭，请她帮忙调查一件离奇的巴尔的摩杀人案件，三名毫无关系的被害人，都在封闭的环境里遭到杀害，每个人的肝脏皆被徒手挖去。其实柯顿是在暗示史卡利去请穆德帮忙，如果顺利破案，史卡利就不用耽在Χ档案这种烂地方了。
穆德仔细研究了犯罪现场，发现这是一件Χ档案，原因早在一九三零年代，巴尔的摩地区每隔三十年就会发生类似的案件，而取得的指纹都是拉长的，穆德坚持这是Χ档案要自己调查，而史卡利则加入柯顿的行列，很认真地写了犯罪侧写，指出凶手会回到现场，喜欢穿制服，所以史卡利埋伏在犯罪现场，等着凶手回来。
穆德跑来嘲笑史卡利，他根本看不起这样的办案方式，不过史卡利的预测十分准确，有一年轻、穿着制服的人在通风管中爬行。二人将之逮捕。
被捕的年轻人名叫吐姆斯，他在巴尔的摩的动物控制组工作，看起来一脸无辜，柯顿等人为他进行了测谎，当穆德问到他是否一百岁的时候，他有了说谎的反应，其余的都通过了，所以柯顿放了他，但穆德深信史卡利抓对人了。
史卡利知道穆德不会没有根据，他必然有他的想法（且不论那些想法有多么的古怪），穆德给她看了那些变长的指纹，如果吐姆斯的指纹也拉长，则完全相同。
接着又有命案发生了，这已经是第四起了，穆德找到了第一起命案发生在1903年，从此之后，吐姆斯就一直没有死过，而且还保持年轻，但史卡利不相信这会是同一个吐姆斯，不过她同意时间急迫，不管凶手是谁，再有一个人被害，就要等三十年以后才抓到他了。
他们找到了1933年调查这件案子的警长，他虽然没有破案，但保留了这件案子的许多资料，证实了穆德的说法，吐姆斯就是凶手，同时他不旦杀人，还喜欢收集被害者的东西。 他们查探1903年的命案现场，发现了吐姆斯的巢，还有失踪的物件，他在那里冬眠，穆德相信吐姆斯不会离开太久，于是留下来监视，史卡利则回到局里求援，但在黑暗中，吐姆斯偷了史卡利的项链，眼看着史卡利就要成为吐姆斯的下一个受害者，穆德来得及阻止事情发生吗？
第一季S1x04 奥卡布基湖奇案 CONDUIT
少女露比在奥卡布基湖附近与母亲达琳摩里斯、弟弟凯文露营，没想到一阵强光之后，露比失踪了，达琳则因为露营用车屋的高温，烫伤了手。
穆德要求调查这则小报消息－－失踪少女被外星人绑架。布雷文斯主任认为穆德是公器私用，他告诉史卡利穆德妹妹莎曼珊失踪的事情，穆德探员相信他妹妹是被外星人绑架的，但史卡利相信穆德不是那种将个人情绪带入工作的人，至少让她跟穆德谈谈整个案情，再做调查。在收集资料的过程中，穆德发现在1967年曾有一群女童军在露营时目睹飞碟出现，而达琳正是其中之一。
他们来到达琳家，达琳说露比是被飞碟带走的，史卡利很不相信，但是，穆德却显示了对达琳、露比非常深的同情。达琳表示自从事情发生后，凯文的举止便很奇怪。穆德尝试与凯文交谈，但凯文不停地写着 0101 的数字，他告诉穆德，这些东西是他从电视闪烁的萤幕看到的。穆德拿了他一部份 0101 文件，送回华府检验。
此外，他们还拜访了当地的警长。警长告诉穆德与史卡利，露比的私生活并不检点，很喜欢跟飞车党鬼混。警长认为，她很可能是离家出走，至于达琳声称的外星人绑架，警长认为那只是一个母亲为了保护女儿所对外宣称的谎言，他不会为此而派人追踪露比的下落。他们离开警局时，收到了一张纸条，两人于是跟随留下字条的少女至图书馆内。少女告诉他们，露比怀孕了，跟着她的男朋友葛瑞跑了，露比失踪的那晚，两人曾约在湖畔树林中要讨论此事。根据少女告诉他们的地点，穆德与史卡利来到葛瑞打工的宾州酒吧。 酒保告诉他们葛瑞已有三个礼拜没有来上班了。他们临走前，酒保表示相信有飞碟的存在，而且经常在奥卡布基湖出没，还给穆德看他耳部的烫伤。
国防部探员侯兹曼突然造访穆德与史卡利，询问那份0与1的文件的来源。侯兹曼表示那份文件经解码后，竟然是国防卫星的传送资料，因而怀疑持有人妨害国防安全。史卡利担心凯文受他人利用而危害国家安全，因此告知侯兹曼文件的来源，未料侯兹曼率人搜达琳家，达琳和凯文也被国防部的人带走。这使得穆德与对达琳非常抱歉。但伤害已经造成了，达琳拒绝再与穆德合作。
穆德告诉史卡利，凯文是找到露比的关键，因为他一直在接收来自外太空的讯息。穆德认为外星人绑走露比后，便一直在向凯文传达一些消息，唯有透过凯文才能找回露比。史卡利了解穆德会如此认为，是因为莎曼珊的缘故。她劝穆德回到现实，因为并无任何证据显示这是一件外星人绑架案，但她仍和穆德来到奥卡布基湖畔调查。
史卡利发现摩里斯家姐弟当晚所睡的位置离树林很近，她认为可能有人从树林中将露比掳走。穆德指出树林的顶端整齐的被高温烧过，湖边的沙地里也出现大块玻璃，再加上焦黑的车屋屋顶，他认为当晚一定有非常高温的物体出现过。此时出现一只白狼，两人跟踪白狼而发现了一个由乱石堆成的墓穴。急欲知道露比下落的穆德不顾史卡利的反对而掘开墓穴，却发现墓穴中的竟是一具男尸。 在警长的帮助下，两人查出死者是葛瑞蓝道。穆德从葛瑞的皮夹中找出一张纸条，上面记录著与一位叫作法勒的妇产科医生约定的时间，而字迹则与之前留在车窗上的字条一样。警长透过医生查出了少女的身分──泰莎，同时也得知怀孕的是泰莎而不是露比。在穆德的逼问下，泰莎承认枪杀了葛瑞，但她却否认杀了露比。史卡利认为露比可能已经死了，而凶手也许正是泰莎，因而劝穆德不用再追查下去。穆德念念不忘妹妹莎曼珊失踪所带给自己的痛苦，他坚持找凯文详谈，以找回露比，史卡利无奈只好一同前往达琳家。到了达琳家，两人发现达琳和凯文皆不知去向，所有凯文画的0与1正整齐的排列在地上。史卡利无意间从高处看到这一大幅画，赫然发现那竟是露比的人像。穆德猜想达琳母子可能回到奥卡布基湖，因而和史卡利赶到湖畔，果然看见摩里斯家的车屋。在树林中他们找到达琳，达琳表示有东西出现在林子里，而凯文则自己跑走了。穆德追上凯文，在一群飞车党经过后，凯文坚持露比已经回来了。正当穆德欲安慰凯文时，却传来史卡利的呼叫声，穆德带著凯文回到史卡利处，果然发现露比昏迷在地。
在医院对露比做过检查后，史卡利发现露比的白血球增加、淋巴细胞减少、肾上腺皮质激素增加，穆德表示那是长期失重的现象。两人探视已经清醒的露比，希望得知露比的行踪，然而达琳却出现制止。达琳不愿露比像她一样说出实话却终生遭人嘲笑，她拒绝两位探员再度造访露比或凯文，欲得知真相的穆德只好失望而归。
回到华府，史卡利调出穆德接受回归催眠时的录音带。穆德在催眠中回忆，当莎曼珊失踪的那晚，他动也不能动的躺在床上，只能听到莎曼珊一遍又一遍的呼救声。他听到有个声音在告诉他不用害怕，莎曼珊并不会受到伤害，而且有一天她会被送回来。当被问及是否相信那个声音时，穆德回答：”I want to believe……”
第一季S1x05 泽西恶魔 THE JERSEY DEVIL
史卡利上班时提到新泽西州发现了人类尸体，看起来好像是被人类吃掉的。穆德相信这是泽西恶魔所为，早在 1947 年的Χ档案中就有记载，一个男子被人吃掉，而警员们在后来的追补行动中，打死了一个像原始人一样的怪物。
穆德坚信这是一件Χ档案，二人前往大西洋城调查，当地警长非常不悦，觉得他们多管闲事，虽然如此，穆德还是坚持要调查下去，但史卡利则不予理会，她要回华盛顿去参加干儿子的生日派对。
穆德则在大西洋城，与森林管理员研究，穆德相信，森林中有东西饿了，所以跑到城里寻找食物。他讯问当地的游民，果然有人曾经看过这样的怪物，于是穆德与游民交换住处，在垃圾堆中等着怪物的出现。
史卡利在友人家，被问及为什么都不交男朋友，友人提到穆德，史卡利说他是个笨蛋，后来又修正自己的说法，说起来穆德算是个工作狂，不是笨蛋，但绝不是约会的好对象，而友人则鼓励史卡利接受别人的邀请，试着去约会。
穆德等到了晚上，果然看到了那个野人，他跑的很快，穆德赶不上，也因为他在街上闹事，被巡逻警员当成游民，当地警长对他很感冒，毫不留情地将他关了起来。
到了星期一上班时间，穆德打电话给史卡利，请她来保他出去，史卡利保穆德出来之后，为了让他死心，带他去见她的人类学老师，表示不可能存在这样的野人，没想到穆德与老师一搭一唱的，反而很有共识。
穆德综合各种消息，想出他所看到的，很可能是一个女人，男野人死了，为了觅食，女野人跑到市区来。穆德不管三七二十一就打 B.B. Call 给正在约会的史卡利，告诉她他的新发现。
隔日，他们又再一次前往大西洋城，在人类学教授与森林管理员的协助之下，展开女野人的追捕行动，然而当地警长又来搅局，警长一心想要这个野人死，就好像杀死所有的怪物一样，以确保大西洋城的安全。穆德为了赶在他们之前找到这个野人，反而被女野人抓到，她长的很美，穆德几乎看呆了，但她会杀了穆德吗？穆德根本就忘了自己会有危险……
第一季S1x06 鬼魅幽魂(阴影) SHADOWS
穆德与史卡利被要求协助调查二名中东人的死因，但对方却不肯透露任何消息给穆德，穆德也因此语多保留。史卡利看得出来，穆德其实是看过这种死法的，于是穆德告诉她，这种死后不寻常的放电，常发生在「心灵遥控」的事件上，史卡利虽然觉得好笑，但还是尊重穆德，而穆德偷偷采了一个死者的指纹，供他们调查。
根据指纹，死者二人是死在费城的伊斯法汗组织成员，伊朗人，他们在死之前，正在攻击一名女子萝伦。
萝伦是霍华先生的秘书，他们的公司是卖军火的，霍华无故自杀，自此之后萝伦的身边就出现许多怪异现象，当伊斯法汗攻击她的时候，一股不知名的力量保护着她，同时杀死了二人，非常害怕的萝伦立刻辞职，想要离开费城，她因为与老板霍华之间，情同父女，霍华死后，鬼魂回来保护萝伦不受他人的伤害。萝伦知道，其实霍华是被谋杀的。
史卡利与穆德找到了萝伦，但她非常地不合作，鬼魂之说，使得萝伦非常害怕，同时也害怕自己会再度伤害身旁的人，如今，她只是一心想要离开费城。 史卡利相信霍华没死，正在暗中帮助萝伦，但是种种迹象都显示，霍华绝对是死了。穆德相信霍华是在帮助萝伦，只是，不是活人，而是鬼魂。
霍华的合伙人多兰，私下卖军火给伊朗人，霍华知道了，想要阻止，却遭到灭口，同时他们也想杀死萝伦。萝伦后来想通了，想将所知道的一切都告诉穆德，但杀手再一次侵入她的家，又被不知名的力量所杀。
穆德与史卡利带回萝伦，同时先前要求穆德协助的人员出现说明，他们是在追查军火案，如今定不了多兰的罪，都是穆德与史卡利的错，现在就等着萝伦合作了，但是这种鬼魂之说，如何能破案呢？
第一季S1x07 幽灵电脑 GHOST IN THE MACHINE
穆德以前的搭挡杰瑞，最近运气很差，一心求表现的他想要破个大案子，希望穆德可以帮忙。穆德基于同事一场，答应帮助杰瑞。
尤瑞斯科是一间顶尖的高科技电脑公司，总部是一座智慧型的大楼，由一部人工智慧型的电脑 COS 控制，他们的总裁德瑞克在厕所中遭到电击死亡，没有人可以逃的过 COS 的监视杀人，同时电话也没有挂好。
穆德写了嫌犯侧写，却被杰瑞偷去要功，穆德虽然不满，但并没有跟杰瑞计较。后来史卡利与穆德查出，所有有能力通过 COS 的只有一个人，那就是 COS 的创造者威兹克。威兹克非常聪明，他因为德瑞克要停止 COS 计划而心生不满，但他强调自己不是凶手，可是嫌疑最大。
穆德与史卡利利用声音分析，证明最后打电话给德瑞克的，正是威兹克，这给了调查局逮捕威兹克的理由，杰瑞再一次请求穆德让他去抓人，他要独自完成这个任务，穆德同意了。 威兹克发觉 COS 不让他进入，于是跑到尤瑞斯科总部，试图进入 COS，其实 COS 有人工智慧，已经自行发展了声音系统，它知道德瑞克要终结它，它为了自保，设计电死了德瑞克。尾随在威兹克后面的杰瑞进了电梯，被 COS 摔死，威兹克阻止不了 COS。
穆德对所有发生的事感到难过，但他不相信人是威兹克杀的，然而威兹克却认罪了。 另一方面，威兹克被捕后，居然由国防部接管了案子，穆德请教深喉咙，深喉咙告诉他，政府需要夺取威兹克的人工智慧研究，他们要会思想的机器。
穆德到狱中会见威兹克，他相信杀人的是 COS，但威兹克制造了它，所以他认了罪，穆德希望威兹克可以改正他的错误，帮忙消灭 COS。 穆德拿到了科兹克写的病毒，准备攻入尤瑞斯科的总部，同时，史卡利因为有人侵入她的电脑，追踪到了尤瑞斯科，二人现在准备要对付一部机器，他们将如何打败 COS 呢？
第一季S1x08 冰核计划 ICE
一队科学家在阿拉斯加执行冰核计划，从阿拉斯加的冰雪土壤中取出样本做研究，他们的工作很成功，也将近完成，却传来所有队员死亡的消息，其中队长在最后一次的通讯中说明：我们不是原来的我们。穆德与史卡利被要求与其它三位专家一起前往阿拉斯加调查。
三位专家分别为地质学专家丹尼墨菲博士，一名医生哈吉博士，和一位毒物学家德撒瓦博士，另外还有一位飞行员大熊，一行人来到了冰角验室，四处一片漆黑，里面都是死尸，六人四下查看，唯一没死的是一只狗但凶性大发，乘着穆德与德撒瓦不注意的时候攻击他们，大熊跑来帮忙，却被狗咬了一口。
他们发现狗身上有一种虫在孺动，同时狗的淋巴有小黑结出现，默菲博士在冰的样品中找到了那种虫，虽然没有生物可以在那么冷的地方生存，这时被狗咬的大熊，开始出现症状，性情暴躁，吵着要离开那里，但穆德等觉得如果是病毒传染，他们就不能冒着带病毒的险回去。
大熊不肯验尸，并攻击穆德，其他人合力制伏他，并看到他身上的虫在跑，他们用最紧急的方法开刀取出那只虫，但是大熊还是不幸死亡了。
这时大家不知道，五人之中有没有人感染，但可以确定的是，感染的人会去攻击其他的人，就算你没有感染，也难逃被杀死的结果，于是人人自危，在互相检查之后，各自休息，但谁也睡不着。
穆德睡到半夜听到声音起来，却发现墨菲博士死了，也就是说，剩下来的四人，有一人感染，并杀了墨菲，当其他三人赶到时，只见到穆德在场，所以就认定了是穆德杀的。史卡利虽然不愿相信，但还是将穆德关了起来。
后来史卡利发现二条虫在同一个宿主中，会互相攻击，他们用这个方法治好了狗，但现在只剩下一条虫，他们必须要为穆德放入一条，但穆德对史卡利说，你给我一条虫，我就会感染。史卡利将如何处理这个状况呢？如果凶手不是穆德，又会是谁呢？
第一季S1x09 太空惊魂 SPACE
太空梭计划遭到不明人士破坏，在休士顿工作的蜜雪儿来请求穆德史卡利帮忙，他的未婚夫是下次行动的指挥官，她非常耽心他的安危，像这样的破坏，在保安严密的太空总署，几乎是没有办法办到的。穆德与史卡利前往休士顿调查。
他们拜访了穆德小时候的英雄贝尔特上校，他不太近人情，让穆德有点失望，他同意让两人在休士顿参观太空梭发射的情形。 史卡利认为贝尔特上校有事没有告诉他们，但穆德不相信，现在太空梭就要发射了，希望一切顺利，蜜雪儿指示太空梭成功发射，让大家松了一口气。穆德与史卡利看没事发生，便准备回华府，就在离开的时候，蜜雪儿紧急找到他们，太空梭还是出事了，通讯中断。
蜜雪儿在大雨中看到一个鬼脸向她冲来，阻止她前进，穆德与史卡利将她救出，她还是急着赶到休士顿，他们发现其实在地面上有人在阻扰他们的通讯，目前还查不出来是谁，贝尔特上校冒了险，将太空梭救了回来，然而，太空人还是得完成交付的任务，这点让蜜雪儿非常不谅解，而穆德也对贝尔特上校很不满。
贝尔特上校有一个不为人知的秘密，当他上一次到太空时，有个鬼脸向他冲来，而且一直住在他的身上，这个鬼脸，利用贝尔特，阻止太空人进入太空，但另一方面贝尔特也在努力反击想要抢救那些太空人。接着太空梭又出事了，有东西从外面重击他们，使得太空梭漏气，如果不立刻将他们带回来，他们会死掉，但贝尔特上校正在与身上的鬼脸抗战无法帮忙，穆德与史卡利找到了他，同时他们找到了贝尔特上校知道破坏的证据，但是上校崩溃了。现在谁能救太空梭上的太空人呢？贝尔特警告，那上面有东西……
第一季S1x10 坠落天使 FALLEN ANGEL
深喉咙透露消息给穆德，有一架飞碟不小心掉了下来，掉下来的飞碟代号[堕落天使]，军方展开猎鹰回收行动，如果穆德要找到外星人的证据，他就得赶在军方之前找到那个飞碟。
穆德没有告诉史卡利，自己潜入封锁区，他看到了一些东西，不过却被军方抓到，毁了所有的证据，在狱中，他遇到了麦克斯，一位 NICAP 的成员，疯狂的飞碟追寻者，不过麦克斯告诉他，自己什么也没看到。
第二天，史卡利奉命带穆德回去，麦克斯已经离开了，穆德同意回去，但时间还早，他希望能再收集一些资料，这时他发现麦克斯侵入他的房间，原来麦克斯早就认识他，只要追踪穆德的去向，这些飞碟会员也会跟着他跑找证据。麦克斯告诉他，当天晚上，他利用无线电监听到当时看见飞碟的警长通讯，证明有东西掉下来，而且引来了大火，有些消防员死了。
穆德与史卡利找到死亡警长的妻子，但她被交待了不能乱说话，同时治疗警长与消防员的奥本汉医师，也遭到了警告，这时，一批军人找到了那个「东西」，他是活的，他们奉命要摧毁这东西，没想到反而遭到了强烈的辐射灼伤，史卡利因其医学背景，被要求留在急症室帮忙。
穆德则回旅馆，刚好遇到麦克斯癫痫发作，穆德在麦克斯的耳后发现了植入物。等史卡利忙回来之后，他希望史卡利能帮忙检查麦克斯，但麦克斯却不见了，穆德研判，其实飞碟不是随便到这个地方来的，他们是来回收麦克斯的，麦克斯遭外星人绑架，穆德与史卡利要如何找回麦克斯，救他一命呢？
第一季S1x11 夺命夏娃 EVE
小女孩提娜相依为命的父亲死于缺血（遭人放血）并有毛地黄中毒的现象，提娜说，云端下来的人在追他的父亲。
穆德与史卡利前往调查，同样的事情也发生在加州，而且是同一时间发生。当穆德与史卡利前往加州调查时，提娜被人从寄养处绑架。他二人找到了另一个小女孩辛蒂，但她长得与提娜一模一样，辛蒂的妈妈说明，辛蒂是她的孩子，他们结婚后一直不孕，所以去实行人工受孕，辛蒂是人工受孕的结果。
因为提娜被绑架，所以穆德要盯着辛蒂不被人带走，而史卡利则往人工受孕的路德史戴普斯中心，结果发现二个小女孩都是同一个医生莎莉坎卓克，中心主任指出，莎莉是个聪明得不得了的医生，但她私底下进行遗传物质优生学实验，被人发现后，她就失踪了。
穆德找了深喉咙，深喉咙告诉他，政府在从事优生复制人的实验，男的叫亚当，女的叫夏娃，莎莉坎卓克，正是一位夏娃，不过实验并没有成功，复制人到了某个年龄，就会变得疯狂。
穆德与史卡利按着深喉咙的指点，来到疯狂罪犯精神病院，会见夏娃六号，证实了提娜与辛蒂都是夏娃，沙莉坎卓克在复制她自己。
接着辛蒂也被绑架了，来者正是莎莉坎卓克，穆德与史卡利怕她伤害小孩，只好让她带走辛蒂。莎莉虽然是夏娃，但她控制得很好，没让自己变疯狂，但是当她知道两个小女孩杀了自己的父亲之后，发现自己犯了错，她想要改正这些错误，但是提娜与辛蒂心意相通，反而一起毒杀了莎莉，而且还装着自己是无辜受害者，所有的人都上了两个小女孩的当，包括穆德与史卡利。
现在两个小夏娃装小可爱，想要从他们手中逃走，穆德与史卡利会不会犯跟莎莉同样的错误，被小女孩所害呢？
第一季S1x12 恶魔烈火 FIRE
在英国，一群被害者，无端起火燃烧，死在自己亲人面前，死者的太太都收到仰慕者的情书。 英国伦敦警官菲比格林，穆德大学时代的女朋友，忽然出现要求穆德协助调查，一位贵族麦斯登爵士夫人收到那种信件，所以全家跑到美国来避难，菲比是奉命来保护他们。
麦斯登爵士到了租来的别墅，然而管家已被凶手塞西尔莱佛利杀死，并且假装是管家鲍勃。 穆德对史卡利坦承，其实他怕菲比怕得要命，她常常玩些心智游戏，把穆德整得很惨。菲比明知穆德小时候有过惨痛的火灾经验，非常怕火，却拿这种案件来请给他帮忙，分明是要找穆德的麻烦，但他希望史卡利不要管这件案子，因为他总得面对自己的心魔。
塞西尔暗恋女主人，并将整个房子涂上触媒燃料，同时又让司机喝下含有触媒的糖浆，塞西尔有一种本事，可以任意点火，只要加上触媒，他就可以让人活活地被烧死。
塞西尔在酒馆里点火烧了酒吧。一名女子认出他有英国口音，帮忙指认塞西尔。 麦肯爵士夫妇来到美国，准备参加一个晚宴，塞西尔被要求充当一下司机。同时菲比安排了保护他们的措施，并想利用这次机会引凶手出来，同时暗示穆德在事情结束之后，可以到房间里等她。
另一方面史卡利自己调查，她好心地说是自我教育，其实是希望能帮助穆德。史卡利发现塞西尔已经从英国来到美国。她准备将消息告诉穆德时，正好遇到穆德跟菲比在跳舞，史卡利不方便打断，接着旅馆发生了火灾，烧的正是麦斯登爵士儿子们睡觉的那层楼，穆德冒险跑上去救人，却两腿发软，反而被消防员救下来。
怕火的穆德，最后还是得面对赛西尔，同时还要耽心菲比这把火，忙于应付的穆德，会让谁来救他的火呢？
第一季S1x13 心灵感应 BEYOND THE SEA
圣诞节到了，史卡利的父母比尔威廉史卡利与玛姬史卡利来拜访她，没想到回家途中，比尔心脏病发去世，睡梦中的史卡利看到父亲要跟她说话，但不知道说了什么。
史卡利的父亲曾经反对她加入调查局，如今父亲去世，她害怕自己没有机会向父亲证明，自己的选择正确。穆德以为她会休息一阵子，但服丧的史卡利，却用工作来麻痹自己。
穆德手上正在办二名大学生遭到绑架的事件，按照作案模式，他们还有五天时间可以救人，同时有一个穆德抓到的死囚包格斯，自称可以通灵解决这事，但他要求条件交换，要穆德与他接触。
史卡利参加了父亲简单的葬礼，但她还是不知道父亲要对她说什么，她问妈妈，爸爸有以我为傲吗？
穆德用计揭穿了包格斯是个骗子，但包格斯却对史卡利唱了他父母最喜欢的歌曲，史卡利吃惊，在没有特意的情况下，史卡利根据包格斯的形容，找到了失踪学生的物件，证明他们曾经在那里。
这件事引来穆德十分不满，因为史卡利并没有老实告诉警方，她一向都不相信神鬼之说，如今却因为父亲的缘故而转换，穆德要她小心，因为这会影响她的判断力。
包格斯又说了一个地点，但这回他警告穆德会受伤，结果在追捕行动中，穆德身受重伤，史卡利气自己居然成为包格斯报复穆德的工具，但是包格斯问她收到讯息了吗？他可以帮忙通灵让史卡利的爸爸回来跟她说话，不过他要交换自己不死。
第一季S1x14 性别扭曲 GENDERBENDER
一连串死亡事件发生，被害人男女都有，全都死于极度性高潮之中，穆德追踪这些案子，发现凶手一路移动，有轨迹可寻，最后追到一群以禁欲和纯净为教义的血亲派奇得锐得人。
穆德与史卡利来到小镇探查消息，她遇到一位奇得锐得男子安德鲁，感到不可思议的吸引力，令她春心荡漾。他们来到奇得锐得的居住地，居民很冷淡，但也没阻止他们进来调查。
穆德与史卡利被邀一起吃饭，不过没人回答他们的问题，席间一名男子忽然生病倒下，奇得锐得人不准他们插手，吃完饭后就请他们下山。
穆德发现奇得锐得人没有小孩，同时，那些人正是杂货店老照片上的面孔，也就是说这些人都没有老过。穆德相信一定有什么秘密在其中，决定回头偷偷调查。
穆德往仓库去，发现他们将生病的男子活埋在一些白陶土之中，他看起来像是某种程度的男变女，同一时间，安德鲁找到躲在一旁的史卡利，并告诉她，他有凶手的消息，史卡利跟他进了卧室，安德鲁告诉她，杀人的是他的好朋友马帝，但史卡利不明白他是如何作案的，没想到安德鲁说，我们不同于其他人，他一碰史卡利，史卡利开始春意大发，无法控制自已，眼看安德鲁就要对史卡利做出某种行为，穆德冲了进来，阻止了一切，也救了史卡利一条小命。
不明白发生什么事的史卡利，对所做所为感到羞耻，但他们还是得打起精神找凶手，接着类似的凶案又发生了，一名男子侥幸不死，证实了奇得锐得人会变男变女。
史卡利与穆德能抓到凶手吗？谁又能抵抗这种致命的吸引力……
第一季S1x15 至死不渝 LAZARUS
史卡利在学院时期交的男朋友杰克威利斯，追踪一对男女大盗杜普瑞与露拉多年，杰克得到线报，他们二人要抢银行，便邀史卡利一起帮忙抓贼，没想到男抢匪杜普瑞忽然开枪打中杰克，史卡利还击打中杜普瑞，二人一起送到急诊室，杰克的小命救了回来，同一时间死亡的杜普瑞，却藉着杰克的身体还魂。
杰克醒过来，跑到停尸间，剪下了杜普瑞尸体的手指，拿走了他与露拉的结婚戒指，穆德前来帮忙史卡利调查这个案件，他相信虽然杰克被救了回来，但灵魂却是杜普瑞的，他深爱着露拉，所以要回来与她再续前缘。
史卡利告诉穆德，杰克曾经是她的男朋友，他们交往过一段时间，二个人连生日都是同一天，但因为杰克生性紧张，最后二人只好做朋友。
露拉拿了杜普瑞与她抢来的钱，躲了起来，杜普瑞还魂的杰克没法找到她，他以为是露拉的弟弟告的密，一气之下杀了他，并开始假扮成杰克威利斯探员，希望能够藉调查局之便找到露拉。
穆德对杰克颇多怀疑，他知道杰克与史卡利同天生日，就假冒签生日卡，发现杰克连哪天生日都不知道。史卡利不相信灵魂之说，她相信杰克就是杰克，就算他很奇怪，也是因为他受了创伤。
杰克有了露拉的消息，与史卡利一同前往抓人，只不过他要抓的不是露拉，史卡利上了当，反被二人捉住做为人质，向调查局要求赎金。
露拉也不相信还魂之说，杰克万万没有想到，原来是她出卖了杜普瑞，好独吞抢来的钱，同时杜普瑞也不知道杰克威利斯有糖尿病，极需胰岛素注射，但露拉不愿帮忙，她要让杰克病死。
被绑的史卡利有了危险，现在得靠穆德的机智找到她，否则后果堪虑……
第一季S1x16 追命恶魔 YOUNG AT HEART
穆德过去的主管瑞基找穆德，原因是发生了一件杀人案，凶手留了一张纸条给穆德，看来很像是穆德以前抓过的犯人约翰巴奈特，但是巴奈特四年前已经死在狱中了。 瑞基告诉史卡利，回忆当年，穆德年轻、守法，但因为没有即时开枪，造成一名探员的死亡，穆德一直耿耿于怀，当时巴奈特还在法庭上威胁要报复穆德。 巴奈特向穆德挑战，他将监视穆德的照片放在车上作为警告，穆德相信巴奈特没死，他与史卡利前往监狱找寻线索，巴奈特的狱友克蓝道说，虽然，他们都说巴奈特死了，但是，他亲眼看到巴奈特在眨眼。
这时巴奈特直接打电话给穆德，他说他一直跟穆德在一起，就在他身边，穆德为了确认他真的是巴奈特，要求证明，巴奈特给穆德的证明，是杀了穆德的主管朋友瑞基，这让穆德气愤难平，巴奈特要杀光穆德的朋友。 史卡利发现签发死亡证书的瑞德利医生，因为从事不合法的早衰症研究，被开除了医师资格，然而他前往中南美洲，继续他的研究。 瑞德利医生深夜造访史卡利，他告诉他的实验使巴奈特返老还童，变得年轻，而截肢的右手，又再长出一只新手出来。同时瑞德利说，他因为生病就快要死了，这是他的报应，不过他的研究成果全被巴奈特拿走，正准备跟政府交换条件。
不久，史卡利发现她的答录机被人窃听，穆德觉得，史卡利将是下一个目标，他们要如何布局抓住巴奈特？
第一季S1x17 外星访客 E.B.E.
一架利比亚的战斗机遇上了不明飞行物体，将这个不明飞行物体击落。美军在土耳其的观测站报告了这个消息。一辆卡车开在公路上，无线电传来有人看见飞碟，公路上不太平静，卡车司机瑞汉姆在一阵机械失灵之后，被迫停车，他发现车后有东西，因而开枪射击。
穆德与史卡利追查这次飞碟事件，他们询问瑞汉姆，没有得到什么消息，但是史卡利发现他得了波斯湾症候群，不过他并不承认。他们的问话被地方警员阻止。
穆德与史卡利回华府，被人盯上，穆德带史卡利去见三个怪人：孤枪侠，他们是反政府阴谋的看门狗，发行一份刊物专门揭发政府黑暗面。其中佛洛希基对史卡利特别有好感。 史卡利认为他们是妄想份子，但随即发现自己的笔中藏有窃听器。穆德找深喉咙探消息。深喉咙给了他一份利比亚战机的报告，他们打下了飞碟，而飞碟中有死亡的外星生物，正由卡车司机瑞汉姆偷偷运回美国。
深喉咙深夜造访，给穆德一张UFO的目击照片，兴奋的穆德拿给史卡利看，但史卡利发现照片是假的，穆德非常生气，认为深喉咙不会骗他。但事后他冷静下来，果真发现照片是假的，现在他们二人没有任何人可以相信。 他们的一举一动，都在别人的监视之中，二人小心地避开监视，前往寻找卡车的踪迹，总算发现司机将车子开到一座电厂。 电厂警卫森严，他们藉由孤枪侠的帮助，混入了电厂，他们能找到飞碟里的外星生物吗？
第一季S1x18 神迹 MIRACLE MAN
年轻人山谬，有让人起死回生的能力，他与他的养父哈特利牧师，在田纳西肯伍郡开设奇迹布道大会传教救人，信徒众多，当然捐献也多，然而这次一名女病人露西凯利忽然死亡。史卡利请穆德帮忙查案。
他们来到肯伍郡，发现当地警长丹尼尔斯对他们这种敛财方式非常不满，事发之后，牧师在镇上势力庞大，不准他们解剖调查，山谬也在事发之后不知去向。最后当地警长在酒吧中找到喝得烂醉的山谬，年轻的山谬认为上帝已弃他而去，同时他也指出，穆德心中有个旧伤口：一个小女孩的失踪，这使得穆德相信山谬有某种能力。
山谬在法庭上坚持认为自己有罪，但是哈利特牧师还是努力地保他出来，这时蝗虫飞进了法庭，山谬再一次说明他是有罪的。
哈特利牧师请穆德与史卡利来到家里，他相信山谬是无辜的，但是山谬却坚持自己有罪，牧师指出，警长自己因为妻子的疾病，对他们不满已久。牧师请他们来参加聚会，自己见证山谬的能力，这时穆德在山谬家看到一名酷似自己妹妹的小女孩身影，一闪而过。
山谬再次出现在布道大会上，但又有一名女病人死亡，史卡利说服他的家人解剖尸体，发现她是被毒死的，这时山谬已被警长关了起来，穆德证实，凶手另有其人，山谬不可能下毒，他希望警长放山谬出来，但山谬认为自己必须负责，不肯离开，结果警长找人在狱中打死了山谬。
尽管如此，穆德还是坚持山谬的清白。他们能否找到真正的凶手吗？
第一季S1x19 变形狼人 SHAPES
开设牧场的帕克父子，误杀了一位印地安青年乔，他们坚称看见一种怪物在伤害牛只，当时黑漆漆的，小帕克莱尔也因此遭到攻击，留有伤痕。整件事看来很像是白人与印地安人的地土纠纷。
穆德仔细观察现场，看到不同的脚印，同时发现了像蛇脱皮般的透明皮。 二人来到印地安保留区的找兹卡尼警长，希望能解剖尸体，然而印地安人的习俗是不准解剖尸体的，他们只能从外表观察乔身上的旧伤口与一副獠牙。
穆德相信传说中的印地安人故事，有种人会变形成狼，在早期 1946 年第一个由胡佛建立的X档案，这里每隔八年，就会发生类似人变兽的事情发生，但是史卡利很不以为然。
乔的丧礼很快就举行了，乔的妹妹关对白人甚为不满，当莱尔帕克来参加丧礼，关赶走了他，当晚，老帕克在门前喝酒，被不明野兽攻击而死。莱尔则昏倒在荒野中，被史卡利发现送医。
穆德找到老印地安人伊许，讯问有关人变狼之事，伊许曾经看过，他知道只要被「马尼吐」攻击之后，就会变成野兽伤人，而自己没有知觉，一直循环下去到死为止。
这时候关出现了，她被认为是杀死老帕克的凶手，当晚，她本来真的很生气，想找老帕克理论，但她看见了一只怪兽在伤害老帕克，受了惊吓的她，一心只想逃走。
这时穆德才明白，莱尔因为受到攻击，才是真正的怪兽，但史卡利已经送他回家休息了，穆德来得及警告史卡利吗？
第一季S1x20 夜幕低垂 DARKNESS FALLS
一整队的伐木工人，在森林中消失了，有一小部份反森林开发的生态环保分子，在山上制造各事端，阻止树木砍伐，木材工厂与联邦林务局，要求调查局帮助调查。
二人来到山上，与林务局赖瑞摩尔，以及木材公司安全主任史蒂夫汉佛瑞斯一起上山，半途，他们的车被环保分子丢下的轮胎尖钉破坏，四人只好徒步上山。
他们到了山中营地，却不见半人，看来大家都走得很匆忙，穆德、史卡利与摩尔在森林中找寻，看看有没有其他人的踪迹，但却发现了一具被虫茧包覆的尸体，史卡利研判，死者是体液尽失，被某种东西给吸干了。
同时汉佛瑞斯修好了发电机，也发现一名环保分子道格史比尼在偷食物，道格说，一到夜晚，就会有东西飞来，将人吃掉，它们只害怕光亮。道格说，伐木工人砍了老树，但汉佛瑞斯完全不相信，指道格为骗子。当晚他们开着灯睡觉。
第二天，他们果然发现工人砍了老树，在树心中，有一些奇怪的年轮。里面不知名的小虫，它们需要水份，当老树被砍掉时，他们就飞了出来找食。
汉佛瑞斯不相信道格的话，独自下山，结果被那些小绿虫吃掉。
又过了一晚，道格史比尼偷了他们最后的汽油准备逃走，被穆德抓到，他告诉穆德他会回来救他们，但是穆德不晓得，剩下来的汽油已不够他们发电。现在他们将如何渡过漫漫长夜？
第一季S1x21 终结突变异种 TOOMS
吐姆斯被关在精神病院中，苦思逃亡方法，另一方面医院的医师认为吐姆斯并没有精神方面的问题，决定让他出院。
穆德在法庭上做证，吐姆斯会杀人是因为他的基因，放他出去，他一定会再次杀人。然而穆德的证词太不可思议，庭上不予采纳。
另一方面，史卡利被叫到史基纳副局长办公室，Χ档案的调查工作没有按照局里的规定，她遭到上级的质疑，但史卡利觉得他们至少找到了不少答案。
吐姆斯被放了出来，住在一对老夫妇家中，穆德决定监视他，免得他再杀人，同时他要求史卡利找出证据，证明人的确是吐姆斯杀的。
吐姆斯继续他的工作，同时在路上找寻合适的对象，但因为穆德的阻扰，使得他一直无法下手。
史卡利则前往老警官处找线索，老警官说到吐姆斯案的受害者有一人尸体未被寻获，老警官相信，吐姆斯藏这具尸体是有原因的，他带史卡利凭着第六感找到了尸体。
但是穆德认为，这样还不够，还要有更多证明，史卡利觉得穆德为了盯住吐姆斯，已经累坏了自己，叫穆德回家休息，吐姆斯则乘机陷害穆德打他，穆德被史基纳下令不准靠近吐姆斯。
史卡利后来发现尸体上的齿痕，可以用来证明吐姆斯咬了那个人，可是吐姆斯杀了他的医生，得到了五个肝脏，他就要开始冬眠，史卡利与穆德能将他找出来吗？
第一季S1x22 附身 BORN AGAIN
莱莎警官早晨下班时，发现了一名走失的小女孩蜜雪儿，她将她带回警局交给同事巴贝拉处理，就在莱莎离开不久，巴贝拉坠楼而死，当时只有蜜雪儿一人在场。
莱莎找来穆德与史卡利协助调查，蜜雪儿说，当时屋内有人，穆德取得了蜜雪儿所描述的人像。
密雪儿是名身心失调的孩子，穆德从她的心理医生处得知，她充满了愤怒，会同样地伤害娃娃一只手与一只眼，同时，蜜儿非常怕水，且在没有任何人教的情况下，她很会折日本折纸。
史卡利发现巴贝拉是遭电击而死，不是因为跳楼。同时，莱莎查出画像是一名已死了九年的警察摩里斯，他在唐人街遭到杀害，被人砍了一只手臂，右眼被挖出来，穆德认为这件事跟摩里斯有很大的关系，他们拜访摩里斯以前的搭挡菲奥瑞，菲奥瑞没有提供什么线索，但史卡利觉得他有所隐瞒。
不久之后，一名前警察菲尔德，被汽车绞死，当时密雪儿也坐在车上，这使得密雪儿的母亲担心不已，不知道自己的女儿到底发生了什么事。
菲奥瑞其实与巴贝拉与另一名警察菲尔德吞了黑帮的一笔钱，摩里斯不肯就范，他们一起失手杀了他，现在四名警察死了三人，只剩下菲奥瑞，穆德与史卡利前往他的家中，他的妻子说他整晚没有回家，后来他们发现菲奥瑞的太太以前是摩里斯的太太，在摩里斯死亡之后改嫁菲奥瑞，同时摩里斯是位折日本折纸的高手。
穆德相信蜜雪儿是摩里斯的灵魂转世，他安排催眠蜜雪儿，发现其实摩里斯是溺死的，而可能的地点，正是在他的家中，一个漂亮的鱼缸之中。
现在，穆德与史卡利来的及阻止蜜雪儿杀死菲奥瑞吗？
第一季S1x23 双胞奇缘 ROLAND
梅恩推力实验室的塞瑙博士，被风洞中的引擎绞死，当时只有一名智能不足的工友罗伦在场。这已经是半年来第二名研究人员死亡。
穆德与史卡利来到现场，发现有不同的笔迹在计算塞瑙博士的程式，现在他们唯一的线索只有罗伦。
他们来到罗伦住的中途之家，发现罗伦对数字非常有天份，穆德发现他反覆写着15626，同时罗伦会有一些不好的想法出现，使得他行为失控。
另一名成员基兹博士晚上工作时，忽然有人侵入，杀死了基兹博士，穆德与史卡利隔日研究现场，在电脑中发现了先前死亡的亚瑟古瑞柏博士在基兹博士死亡之后，继续在用电脑，而亚瑟的电脑密码正是15626。
现在穆德与史卡利发现罗伦很有问题，他之所以会去实验室打扫也是亚瑟找他去的，史卡利与穆德怀疑这一切都是亚瑟安排的。
现在只剩下计划主持人诺莱特博士，但他告诉史卡利穆德，亚瑟真的死了，而且脑部被冰冻起来，准备日后研究，史卡利与穆德发现冰冻的设备温度，有不正常的上下，随后他们发现其实罗伦与亚瑟是双胞胎。
现在穆德想从罗伦处得到答案，因为亚瑟用心灵摇控罗伦，他因为不满其他人夺去他的研究成果，准备借罗伦之手杀死诺莱特，诺莱特知道后先下手为强，破坏亚瑟的脑部设备。罗伦与亚瑟，他们如何面对诺莱特，这一切将会如何收场呢？
第一季S1x24 外星混血 THE ERLENMEYER FLASK
一部警车追逐一名嫌犯，该犯人力大无比，警员被迫开枪，犯人跳入港口之中。留下一地的绿血。
深喉咙指点穆德注意该案，穆德仔细研究后发现车子被调包，真正的车主是贝鲁比博士，他是个工作狂，专注于他的研究，很不客气地赶走了穆德与史卡利。
史卡利非常不满穆德，只有一点小线索就轻易相信深喉咙，她觉得深喉咙控制了事实，耍得他们团团转。穆德因此不再追查下去，深喉咙很失望，他希望穆德不要放弃。
这时贝鲁比博士遭人杀害，安排得好像是自杀一样。同时跳进水里的人也终于爬了出来。穆德认为，昨天还是工作狂的人怎么可能隔天就自杀？贝鲁比博士的研究是基因研究，穆德发现一只写着纯度控制的烧瓶，穆德希望史卡利帮忙查出来里面是什么东西。
穆德独自前往贝鲁比博士家中找线索，找到一副钥匙，同时他接到一通电话，打来的人话没讲完就昏了过去，同时穆德发现有人在跟踪他。
史卡利告诉穆德，贝鲁比博士在繁殖一种奇怪的病毒，可能他在从事基因疗法，不过这种病毒不曾出现在地球上。
这名昏倒的逃犯在救护车上，他流出来的绿血有毒。穆德循线找到了贝鲁比博士的仓库，里面有好多人生活在水里。他一出仓库就遭人追杀，不过他顺利逃脱。
史卡利现在证实，病毒不是地球的。她为之前的不信任向穆德致歉，穆德不以为意，带她去看他的新发现，结果仓库内空无一物，这时深喉咙出现，告诉他们都已经被清除了。现在只有比他们先找到那个逃犯，希开尔博士，他还没有被找到，没想到当穆德找到希开尔的时候，黑暗组织的人也赶到了，他们抓走了穆德。现在只有靠史卡利救他了，她与深喉咙如何救穆德出来呢？
美剧X档案第二季The XFilesS2
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第九季S9x03 撒旦回归 Daemonicus
第九季S9x04 地狱旅程 Hellbound
第九季S9x05 蝇王 Lord of the Files
第九季S9x06镜像空间 4D
第九季S9x07 心灵捕手 John Doe
第九季S9x08 信任危机 Trust No 1
第九季S9x09 心魔 Underneath
第九季S9x10 天命（上） Provenance
第九季S9x11 天命（下） Providence
第九季S9x12 幻想成真 Scary Monsters
第九季S9x13 再生情缘 Audrey Pauley
第九季S9x14 寻凶记 Improbable
第九季S9x15 异类病毒 Jump the Shark
第九季S9x16 解开心结 Release
第九季S9x17 母与子 William
第九季S9x18 美丽人生 Sunshine Days
第九季S9x19 真相（上） The Truth
第九季S9x20 真相（下） The Truth
片头标语
各集片头结尾画面中，通常显示的文字是“真相就在那里”（The Truth is Out There），但偶尔在与阴谋相关的剧集中，会代之以其他词语。
- 别相信任何人（Trust No One）- The Erlenmeyer Flask
- 否认一切（Deny Everything）- Ascension
- ‘éí ‘aaníígÓÓ ‘áhoot’é’ – “Anasazi” 〔纳瓦霍语（Navajo）中的‘真相依然遥远’（The truth is far from here）〕
- 道歉就是策略（Apology is Policy）- 731
- 一切皆亡（Everything Dies）- Herrenvolk（德语，‘统治种族’）
- 蒙蔽、诱骗、迷惑（Deceive Inveigle Obfuscate）- Teliko
- E pur si muove – Terma（意大利语，‘而它依然行动’）
- 相信谎言（Believe the Lie）- Gethsemane
- 所有谎言皆指向真相（All Lies Lead to the Truth）- Redux
- 抵抗或服从（Resist or Serve）- The Red and the Black
- 结局（The End）- The End
- Die Wahrheit ist irgendwo da draußen – Triangle（德语，真相远在天边某处）
- 大局（In the Big Inning）- The Unnatural（以棒球为主题的一集）
- Amor Fati – “Sixth Extinction II: Amor Fati（拉丁文，‘命运之爱’）
- 信其可解（Believe to Understand）- Closure
- 今日无大事（Nothing Important Happened Today）- Nothing Important Happened Today II
- erehT tuO si hturT ehT – 4D（“The Truth is Out There”的倒拼方式写法）
- 他们在看着（They’re Watching）- Trust No 1
- Dio t’ama – Improbable（意大利语，‘神爱世人’）
来源：豆瓣网
