《红楼梦》中，妙玉的判词是：
“欲洁何曾洁，云空未必空。可怜金玉质，终陷淖泥中。”
红楼梦十二曲中的【世难容】又这样唱：
气质美如兰，才华馥比仙，天生成孤僻人皆罕。你道是啖肉食腥膻，视绮罗俗厌；却不知好高人愈妒，过洁世同嫌。可叹这青灯古殿人将老，辜负了红粉朱楼春色阑，到头来依旧是风尘肮脏违心愿。好一似无瑕白玉遭泥陷，又何须王孙公子叹无缘？
妙玉在《红楼梦》里是个带发修行的尼姑，是金陵十二钗里唯一个与四大家族既没有血缘关系又没有嫁入四大家族的局外人，在前八十回里出场不多。但不少红学家都认为妙玉在八十回后的章节里将对贾宝玉甚至贾府的命运产生重大影响，否则把她放在金陵十二钗里，排名仅次与史湘云，这很难说的通。
过去研究妙玉总是忽略了一个人，就是妙玉的师傅。今天我们就从她的师傅说起。脂砚斋重评石头记第十八回原文这样写道：
又有林之孝家的来回：“采访聘买的十个小尼姑、小道姑都有了，连新作的二十分道袍也有了。外有一个带发修行的，本是苏州人氏，祖上也是读书仕宦之家。因生了这位姑娘自小多病，买了许多替身儿皆不中用，到底这位姑娘亲自入了空门，方才好了，所以带发修行，今年才十八岁，法名妙玉。【庚辰双行夹批：妙卿出现。至此细数十二钗，以贾家四艳再加薛林二冠有六，添秦可卿有七，熙凤有八，李纨有九，今又加妙玉仅得十人矣。后有史湘云与熙凤之女巧姐儿者共十二人，雪芹题曰“金陵十二钗”是本宗《红楼梦》十二曲之意。后宝琴、岫烟、李纹、李绮皆陪客也，《红楼梦》中所谓副十二钗是也。又有又副册三断词乃晴雯、袭人、香菱三人，余未多及，想为金钏、玉钏、鸳鸯、苗云〈按：书中不见此人，想是彩云？〉、平儿等人无疑矣。观者不待言可知，故不必多费笔墨。】【庚辰眉批：妙玉世外人也，故笔笔带写，妙极妥极！畸笏。】【庚辰眉批：是处引十二钗总未的确，皆系漫拟也。至回末警幻情榜方知正、副、再副及三四副芳讳。壬午季春。畸笏。】如今父母俱已亡故，身边只有两个老嬷嬷，一个小丫头伏侍。文墨也极通，经文也不用学了，模样儿又极好。因听见长安都中有观音遗迹并贝叶遗文，去岁随了师父上来，【庚辰双行夹批：因此方使妙卿入都。】现在西门外牟尼院住着。他师父极精演先天神数，于去冬圆寂了。妙玉本欲扶灵回乡的，他师父临寂遗言，说他‘衣食起居不宜回乡，在此静居，后来自有你的结果 ’。所以他竟未回乡。”王夫人不等回完，便说：“既这样，我们何不接了他来。”林之孝家的回道：“请他，他说：‘侯门公府，必以贵势压人，我再不去的。 ’”【庚辰双行夹批：补出妙卿身世不凡心性高洁。】王夫人道：“他既是官宦小姐，自然骄傲些，就下个帖子请他何妨。”林之孝家的答应了出去，命书启相公写请帖去请妙玉。次日遣人备车轿去接等后话，暂且搁过，此时不能表白。
这里信息量很大。妙玉是带发修行的尼姑。其师傅带不带发不知道，起码也得是个尼姑。曹雪芹突然提到“他师父极精演先天神数”，稍微有点宗教常识的人应该知道，出家人要么每日念阿弥陀佛希望死后进入西方极乐世界，要么参禅顿悟成佛脱离苦海、普度众生，这“精演先天神数”是宗的哪家的事？
再看妙玉进大观园之前住在啥地方，“现在西门外牟尼院住着”，和尚尼姑住的地儿不是寺就是庵，这牟尼院是嘛玩意儿？我们把“牟”换成“摩”就一清二楚了，牟尼院就是摩尼院，摩尼教的寺院，摩尼教就是金庸先生在小说里反复提到的魔教，历史考证摩尼教起源于波斯，唐代传入中土，在明朝初年被禁止，残余势力并入白莲教。这里的“贝叶遗文”极可能是摩尼教遗失的经文。
可见妙玉的师傅并非真正意义上的比丘尼。妙玉这个名字本身就太说明问题了，正宗白莲教徒入教后名字得改，里面必须有“普、觉、妙、道”这四个之一，男的多用前两个字，女的多用后两个字。曹雪芹在这里明明白白告诉读者，妙玉是白莲教中人。在师傅死了后，妙玉由两个老嬷嬷,一个小丫头伏侍。文墨也极通,经文也不用学了,模样儿又极好。请注意一下这几个字“经文也不用学了”，出家人不学经文？
「静居」应指的佛教安居制度，始行于印度古代婆罗门教，后为佛教所采用。佛陀作有系统的说法，大都在夏安居的时候，因为在夏天约九十日期间的雨季，不便到外面去乞化度生，所以就集合各方弟子于一处，讲述修行法门及宇宙人生的真理。后来大乘经典的结集，大都是佛陀夏安居时所说的言教。安居的起止可分两种，通常视雨季来临的早晚而定，称为「结夏安居」。唐宋以降，安居制度逐渐成为禅宗丛林道场的清规之一。此外，丛林寺院参照「结夏」的制度，以每年十月十六日到翌年正月十五日间，也进行「冬安居」，称为「结冬参禅」。所以，妙玉应该也修习佛法，是禅门中人。
第四十一回 贾母领着刘姥姥逛大观园时，到了栊翠庵，贾母和妙玉说要吃茶。妙玉亲自捧一盅茶给贾母。贾母和妙玉的对话很耐人寻味。
只见妙玉亲自捧了一个海棠花式雕漆填金云龙献寿的小茶盘,里面放一个成窑五彩小盖锺，捧与贾母。贾母道：“我不吃六安茶。”妙玉笑说：“知道。这是老君眉。”贾母接了，又问是什么水。妙玉笑回：“是旧年蠲的雨水。”贾母便吃了半盏。
何谓“成窑五彩小盖钟”？成窑，是明代成化年间景德镇的官窑彩瓷，以斗彩最富盛名，也不乏青花瓷器，各类单色中华釉瓷等，都各有千秋。孙瀛洲先生说：“成化官窑烧造的瓷器，质良色精，创作技巧为明代八大时期（永、宣、成、弘、正、嘉、隆、万）釉上彩瓷之冠。”捧与贾母的景德盖碗，大关节点是「景」，是自表景门身份。
贾母说自己不吃六安茶，妙玉回答说“知道”。妙玉是如何知道贾母不吃六安茶的呢？第五十四回描写的贾母有专门泡茶的水，可知贾家煮茶的水绝不是井水。妙玉说是旧年的雨水，贾母才喝一口。如果是普通的井水，贾母不会喝。
难道妙玉在贾府里有间谍，摸清了贾府的所有情况？这种可能不是没有，林之孝家的对妙玉的出身能力了解得那样清楚，为了让妙玉进贾府，林之孝家的特意请示王夫人，用一张帖子，把妙玉请进来。
历史上，景教僧人就曾做情报间谍工作，而且做得很成功。755年安史之乱爆发后，当时一代名将朔方节度使郭子仪的帐下，就有一位名叫伊斯的景教僧人，他“为公爪牙,作军耳目”，军功卓著,被朝廷封赏,被赐紫衣袈裟。
景教、祆教和摩尼教是唐代著名的“三夷教”，且相互融合借鉴。唐武宗李炎会昌灭佛，三教受到毁灭性打击，流入民间，与弥勒教等形成新的宗教——白莲教。
与红楼梦创作大有关联的邢台大开元寺俗姓贾氏的万安广恩禅师，既为曹洞宗、临济宗、净土宗传人，大开元宗开山祖， 又称贾菩萨宗，后世又奉其为白莲宗祖师。
由此可见，妙玉不仅仅是个带发修行的槛外人，而是与贾府大有渊源。
查抄大观园的时候，除了薛宝钗的蘅芜苑，还有一个地方没有被查抄——就是妙玉的栊翠庵。薛宝钗的蘅芜苑没有查抄，王熙凤还要和王善保家的商量：“薛大姑娘屋里断乎抄不得的。”但是妙玉的栊翠庵，王熙凤根本就没提，王善保家的自然更是不敢去。栊翠庵，成了大观园中最特殊的地方。
再介绍一下白莲教，南宋绍兴年间僧人茅子元在在佛教净土宗基础上创立白莲宗，主张在家带发修行（妙玉就是带发修行），历史上白莲教多次遭到官方的禁止，变成一种神秘的民间宗教结社，进而在元明清三朝发动大规模武装暴动，在中国历史上写下了浓墨重彩的巨幅篇章。到了明朝中叶，白莲教和最初的白莲宗相比已经发生了巨大的变化，弥勒信仰、道教、儒教、摩尼教，景教（天主教）的思想都混杂进来，大家你中有我，我中有你，极富中国特色。由于专注于造反事业，白莲教遭到历代官府残酷镇压，不得不经常改名换姓，改头换面，江湖上于是先后出现了弘阳教、白阳教、收圆教、罗教、清茶门（闻香教）、青莲教、黄天教、先天教、天理教、混元教、大乘教、龙华教、小刀会、义和团等等数不过来的教门，其实他们都是白莲教的变种，或者最终与白莲教合流。白莲教在历史上最后的辉煌是民国年间的一贯道。
回过头再看妙玉，在椿萱见背、师傅圆寂之后还有两个老嬷嬷外加一个小丫头伏侍，从栊翠庵品茶那一回可以看出妙玉在没有收入来源的情况下还能保持奢华讲究的生活，居然敢嘲笑贾家拿不出一只绿玉斗，如果没有一个强大的靠山支持是完全不合逻辑的。
妙玉在八十回后当有很大的戏份，可以想象她指挥冯紫英、柳湘莲、倪二等人为贾府和宝玉的命运推波助澜。妙玉万人不如法眼，甚至称黛玉也是俗人，唯独看好宝玉是个有“知识”的人。
宝玉落难后妙玉定会大施援手。妙玉虽有呼风唤雨的能量，但身在教门中，无法过自己想要的生活（想到金庸笔下的小昭），所以有“红颜屈从枯骨“”一说，在下认为屈从枯骨不是嫁了一个老头子，而是遵从师傅的遗命，为白莲教贡献自己。妙玉的结局在旁人看来应该还算不错，但对她这种心高气傲并患有严重洁癖的人来讲确是无比悲惨，这就是她师傅说的“后来自然有你的结果”。
前面我们说过妙玉在《红楼梦》出场不多，其中一次暗出很有意思，就是六十三回贾宝玉过生日，妙玉让人送来贺帖。宝玉看到“槛外人”不知如何敌对，正好碰见邢岫烟，二人便聊起妙玉，对话中宝玉说道“…他原是世人意外之人，因取我是个些微有知识的，方给我这帖子。…”
那么问题来了，妙玉什么时候告诉宝玉“是个些微有知识的”？《红楼梦》正文里找不到，所以妙玉和宝玉私下一定有交流。
摩尼教的精神原则来源于诺斯替(Gnosticism)，希腊语gnostikos（即knower，指拥有诺斯或“秘密知识”的人）。“诺斯”也就是知识的意思，但这并非普通的知识，而是有关于世界本源和神的本来面目的知识，有关于人的终极拯救的知识，必须在一定程度上秘传而不得轻易示人的知识，因此又被翻译为“灵知主义”。宝玉是有慧根的，因此妙玉认可他。
明朝中叶，白莲教和最初的白莲宗相比已经发生了巨大的变化，弥勒信仰、道教、儒教、摩尼教，景教（天主教）的思想都混杂进来，大家你中有我，我中有你，极富中国特色。请注意这个“弥勒信仰”是白莲教一个极其重要的标志，在白莲教和其各个支派里“弥勒降（下）生”是团结老百姓起来造反的重要手段，这里头有个说道。白莲教认为天地间有个无生老母，不生不灭，她有三个徒弟燃灯、如来、弥勒，全世界的人都是无生老母的儿女，这亿万儿女日子过的太苦了，无生老母怎么忍心看到儿女受苦呢？所以要带他们回去，回到哪里呢？就是回到“真空家乡”。大家如果看到“无生老母，真空家乡”这八个字，那就是妥妥的白莲教啦！那怎么才能回到“真空家乡”？无生老母先后派了燃灯、如来去完成这个大业，结果都失败了，老母很生气，问题很严重，下面就要派弥勒来搞定。
弥勒怎么来完成这个任务呢？首先他老人家要下凡，化为人身，差不多就是耶稣基督的赶脚，于是下界白莲教中总是隔三差五地有人自称是“弥勒降生”，清嘉庆年间，川鄂白莲教造反时还煞有其事地称：弥勒要降生在河南无影山。这么重大的任务无生老母担心弥勒一个人搞不定，还要派天上的星宿一道下凡，化为人身，帮助弥勒完成这个普渡大业，这些下凡的星宿就称为“知识”。本文的“知识”大概就是这么来的。
第九十五回，
岫烟走到栊翠庵见了妙玉，不及闲话，便求妙玉扶乩。妙玉冷笑几声，说道：“我与姑娘来往，为的是姑娘不是势利场中的人。今日怎么听了那里的谣言，过来缠我。况且我并不晓得什么叫扶乩。”说著，将要不理。岫烟懊悔此来，知他脾气是这么著的，“一时我已说出，不好白回去，又不好与他质证他会扶乩的话。”只得陪着笑将袭人等性命关系的话说了一遍，见妙玉略有活动，便起身拜了几拜。妙玉叹道：“何必为人作嫁。但是我进京以来，素无人知，今日你来破例，恐将来缠绕不休。”岫烟道：“我也一时不忍，知你必是慈悲的。便是将来他人求你，愿不愿在你，谁敢相强。”妙玉笑了一笑，叫道婆焚香，在箱子里找出沙盘乩架，书了符，命岫烟行礼，祝告毕，起来同妙玉扶著乩。不多时，只见那仙乩疾书道：
噫！来无迹，去无踪，青埂峰下倚古松。欲追寻，山万重，入我门来一笑逢。
书毕，停了乩。岫烟便问请是何仙，妙玉道：“请的是拐仙。”岫烟录了出来，请教妙玉解识。
扶乩是中国道教的一种占卜方法，又称拜鸾、降笔、请仙、卜紫姑等。妙玉显然也与道教有密切关系，甚至本身就是道门中人，而且秘不示人。
妙玉与佛教、道教、白莲教、摩尼教以及大秦景教等都大有关系，可说是集万教于一身，这里面又隐藏了什么秘密呢？大秦景教流行中国碑的作者景净曾著有《志玄安乐经》，教导世人如何得到安乐。经文按照儒家经典《中庸》的格式撰写，渗入“无为”、“清净”等中国哲学概念，经文曰：“无动无欲，则不求不为。无求无为，则能清能净。能清能净，则能晤能证。能晤能证，则遍照遍境。遍照遍境，是安乐缘。”景教在中国演化时，大量参考佛教概念，在佛教及道教影响下，景教有发展成综摄（Syncretism）的倾向。妙玉万教合于一身正是体现了她景教的特征以及与贾府同为景教的重大渊源。
